En la primeras fases de desarrollo de las centrales, es decir, de su construcción y en su proceso de establecimiento, se comienza a intervenir los bosques y los causes haciendo vías de acceso mas apropiadas para el traslado de materiales, lo que significa habitualmente un numero significativo de tala arbórea, desvíos y modificaciones del curso del río, y en definitiva, un cambio brusco de todo el entorno natural.
Dependiendo de los variados peces presentes en la zona, la falta de conectividad puede acarrear diversidad de resultados; para aquellas especies de hábitos migratorias (diádromas o que requieren moverse entre aguas dulces y marinas para completar su ciclo de vida), la presencia de una barrera en su ruta migratoria representa un impacto grave, pudiendo llevar a la disminución de la población y su eventual extinción local.
Posteriormente se pueden observar otro tipo de consecuencias, como los constantes cambios en los niveles de las aguas, que en ocasiones termina manifestándose como un pequeño hilo de agua que intenta sobrevivir a los pequeños obstáculos naturales con el fin de llegar a su destino. A diferencia de la estructura típica del cauce de los ríos, al disminuir el caudal generalmente significa una aumento en la velocidad y profundidad de las aguas, que da paso a un ambiente “pobre” donde la mayoría de los peces no tolera tales condiciones por mucho tiempo, y donde se atenta directamente contra los tipos de vida como huevos (embrión separado del ambiente por una membrana), larvas y futuros peces donde se hará difícil su supervivencia. Todos estos cambios producen que el río modifique totalmente su estructura, manifestándose principalmente en cambios sobre temperatura de las aguas, en los materiales que se arrastran por el curso, e incluso se comienzan a producir diferencias en la composición físico-química del agua.
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